وقتی شعار جدایی دین از سیاست جا افتاد و فقاهت در منطق ناآگاهان غرق شدن در احکام فردی و عبادی شد و قهراً فقیه هم مجاز نبود که از این دایره و حصار بیرون رود و در سیاست «و» حکومت دخالت نماید، حماقت روحانی در معاشرت با مردم فضیلت شد. به زعم بعض افراد، روحانیت زمانی قابل احترام و تکریم بود که حماقت از سراپای وجودش ببارد و الا عالم سیاس و روحانی کاردان و زیرک، کاسه‌ای زیر نیم کاسه داشت. و این از مسائل رایج حوزه‌ها بود که هر کس کج راه می‌رفت متدین‌تر بود. یاد‌گرفتن زبان خارجی، کفر و فلسفه و عرفان، گناه و شرک به‌شمار می‌رفت. در مدرسه فیضیه فرزند خردسالم، مرحوم مصطفی از کوزه‌ای آب نوشید، کوزه را آب کشیدند، چرا که من فلسفه می‌گفتم. تردیدی ندارم اگر همین روند ادامه می‌یافت، وضع روحانیت و حوزه‌ها، وضع کلیساهای قرون وسطی می‌شد که خداوند بر مسلمین و روحانیت منت نهاد و کیان و مجد واقعی حوزه‌ها را حفظ نمود. علمای دین باور در همین حوزه‌ها تربیت شدند و صفوف خویش را از دیگران جدا کردند. قیام بزرگ اسلامی‌مان نشأت گرفته از همین بارقه است. البته هنوز حوزه‌ها به هر دو تفکر آمیخته‌اند و باید مراقب بود که تفکر جدایی دین از سیاست از لایه‌های تفکر اهل جمود به طلاب جوان سرایت نکند و یکی از مسائلی که باید برای طلاب جوان ترسیم شود، همین قضیه است که چگونه در دوران وانفسای نفوذ مقدسین نافهم و ساده‌لوحان بی‌سواد، عده ای کمر همت بسته‌اند و برای نجات اسلام و حوزه و روحانیت از جان و آبرو سرمایه گذاشته‌اند.
پیام مهم امام خمینی به روحانیون سراسر کشور/ 3 اسفند 67