سرپرست وزارت علوم در ادامه به چالش‌های فراروی آموزش عالی اشاره کرد و ارتقای کیفیت آموزش عالی را مهم‌ترین چالش آموزش عالی دانست و گفت: در سالهای اخیر به دلایلی، شاهد سیطره کمیت بر تصمیمات، برنامه‌ها و فعالیت‌های آموزش عالی بودیم.

وی گام برداشتن در جهت نظام جامع تضمین کیفیت آموزش عالی را وظیفه مدیران همه دانشگاه‌ها دانست و تأکید کرد: دانشگاه بدون کیفیت، نمی‌تواند مبدأ تحول و پیشران تولید علم در جامعه باشد و به رسالت‌های اصلی خود عمل کند.

نجفی چالش دیگر را کار آمد کردن نظام آموزش عالی کشور عنوان کرد و گفت: این کارآمدی دارای وجوه و ابعاد مختلف «کاربست علم در جامعه» و «توانمند سازی خروجی‌های دانشگاه‌ها»، «پیوند بین دانشگاه با بخش‌های مختلف اجرایی و اقتصادی کشور» و «بین المللی کردن دانشگاه‌ها» است و عدم وجود پیوند عمیق میان دانشگاه با نیازهای امروز جامعه را از نقاط ضعف آموزش عالی دانست.