١- کیفیت پایین مقالهها: اصرار بیش از اندازه بر چاپ مقاله، به پدیدههایی مانند چاپ مقالههای بیکیفیت منجر شد. دانشگاهیان برای بررسی کیفیت مقالهها، ملاک و معیارهایی دارند از جمله اینکه اگر کسی مقالهای را منتشر کند و دیگران را به مقاله او ارجاع دهند، نشانه این است که آن مقاله مهم بوده است، اما اگر دیگران را به یک مقاله خاص ارجاع ندهند یعنی آن مقاله کیفیت زیادی نداشته و دیگر دانشمندان به این مقاله توجه نکردهاند. متأسفانه بسیاری از مقالههای پژوهشگران ایرانی ارجاعهای زیادی ندارد. علاوه بر این بسیاری از مقالهها در مجلههایی منتشر میشود که در بین پژوهشگران اعتبار چندانی ندارد یا حتی گفته شده است که میتوان با پرداخت مبالغی، مقالههایی را در بعضی از این مجلههای بیاعتبار منتشر کرد.
٢- تقلب در انتشار مقاله: شاید بتوان بیکیفیتبودن مقالهها و پژوهشهای دانشگاهی را توجیه کرد و پذیرفت، اما تقلب در انتشار مقاله از جمله پدیدههایی است که نه توجیهکردنی است و نه پذیرفتنی. البته این تقلب نیز خود انواعی دارد. از چاپ و انتشار مقاله دیگران به نام خود گرفته تا پرداخت وجه به دیگران برای تهیه یک مقاله و انتشار به نام خود. متأسفانه در سالهای اخیر تعداد این گونه تقلبها به شدت افزایش یافته و هرچند در بعضی موارد این تقلبها افشا شد و پیامدهای بسیار منفی از جمله مخدوششدن اعتبار پژوهشگران ایرانی را در سطح بینالمللی در پی داشت، اما تاکنون برخورد مناسبی با این پدیده صورت نگرفته است. نشانه گستردگی این پدیده اینکه امروزه روی درودیوار مراکز دانشگاهی میتوان شماره تماس و نشانی مؤسسههایی را دید که با دریافت وجه برای هرکس که مایل باشد، مقاله تولید میکنند. جالب آنکه قانون عرضه و تقاضا در این اینجا نیز صادق است و با ازدیاد این مراکز، هزینه تولید مقاله هم به شدت کاهش یافته است. امروزه هرکسی میتواند به خیابان انقلاب تهران برود و با پرداخت مبلغی در حد یکمیلیون تومان، مقالهای برای دفاع تز فوقلیسانس تهیه کند. برای مقالهای در حد دکترا هم کمی باید به این مبلغ افزود. متأسفانه تاکنون مسئولان نتوانستهاند به شکل شایستهای با این پدیده برخورد کنند.
٣- تکراری و بدون کاربردبودن پژوهشهای دانشگاهی: یکی از مهمترین ایرادهای اینگونه پژوهشها این است که کاربردی در صنایع یا دستگاههای اجرایی ندارد. بسیاری از پایاننامهها در قفسه کتابخانهها جا خوش کردهاند و کمتر کسی به آنها مراجعه میکند. گویا تاکنون کسی نتوانسته است راهحلی برای کاربردینبودن پژوهشها ارائه کند. از یک طرف دانشگاهها مدعی هستند صنایع به توانایی آنها اعتماد ندارد و کارهای پژوهشی خود را به آنها نمیسپارند و از طرف دیگر صنایع هم مدعی هستند دانشگاهها نمیتوانند پژوهشهایی انجام دهند که موجب بهبود کیفیت فرایند یا محصولات تولیدی شود.
٤- وابستگی شدید به بودجههای دولتی: باتوجه به آنکه امروزه بسیاری از مراکز دانشگاهی در سراسر جهان برای تأمین بودجه خود، مستقل از دولت عمل میکنند، دانشگاههای ایران به شدت به بودجههای دولتی وابسته هستند. بههمیندلیل بسیاری از کارشناسان بینالمللی، ساختار نهادهای پژوهشی در ایران را متزلزل توصیف میکنند. به باور آنها این وابستگی به بودجههای دولتی باعث میشود زمانی که درآمدهای دولت کم است (مانند وقتی که قیمت نفت کاهش مییابد)، یا زمانی که هزینههای دولتی زیاد میشود، بودجه اختصاصیافته به مراکز دانشگاه کم شود که همین موضوع کاهش کیفیت و کمیت پژوهش را در پی دارد. این در حالی است که امروزه بسیاری از مراکز دانشگاهی و پژوهشی در جهان، با اتخاذ رویکردهای موفق توانستهاند برای خود درآمدزایی کنند. (البته در این موارد، برخلاف دانشگاههای ایران، دریافت شهریه از دانشجویان، بخش کوچکی از کل درآمد را تشکیل میدهد.)